Можно ли при расчете НМЦК взять две цены из коммерческих предложений и одну цену с сайта интернет-магазина?

Да, можно. 

По мнению некоторых контрольных органов, использовать в расчете НМЦК только коммерческие предложения нельзя (п. 3.7 Методических рекомендаций из приказа от 2 октября 2013 г. № 567).

В случае если в коммерческих предложениях указаны изначально завышенные цены, то использование наряду с такими ценами цен из общедоступных источников поможет определить НМЦК, соотносимую с реальной рыночной ценой продукции.

© Материал из Справочной системы «Госзаказ».